Unter Allergenen werden alle Substanzen zusammengefasst, die eine über das Immunsystem vermittelte Überempfindlichkeitsreaktion im Körper auslösen können. Betroffene haben häufig jahrelangen Kontakt zum Allergen, bevor sie eine Allergie entwickeln. Hauptallergen-Quellen in Innenräumen sind Schimmelpilze und Hausstaubmilben.

Die auffällige Zunahme von Allergien in den letzten zwanzig Jahren hat auf die Problematik der Innenraumbelastung mit Schadstoffen aufmerksam gemacht. Baumaterialien mit Zusatzstoffen wie Formaldehyd, Terpene oder Epoxide sind eine mögliche Ursache für innenraumbedingte Allergien; grundsätzlich können jedoch auch Naturbaustoffe Allergene enthalten. Bei Verdacht auf allergene Substanzen oder Giftstoffe in Innenräumen kann eine Messung sinnvoll sein.

Für Baumaterialien gibt es eine unübersichtlich große Anzahl von Öko-Prüfsiegeln. Ein wichtiges Gütesiegel ist NaturePlus, das nur Produkte erhalten, die auf ihre ökologische als auch gesundheitliche Verträglichkeit geprüft wurden.

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